# Título: Pynovisao
## Autor: Alessandro dos Santos Ferreira
## Autor: Hemerson Pistori

## Resumo:

Pacote de Visão Computacional do Inovisão.

## Como Usar

- A partir da pasta raiz, execute os seguintes comandos:

```
 $ cd src
```

```
 $ python main.py
```

- Uma imagem como a mostrada abaixo deve ser apresentada:

    ![pynovisao](data/pynovisao.png)
    
## Outras Opções

- Mostra todas as opções disponíveis

```
 $ python main.py --help
```
- Executa o programa inicializando o banco de imagens em *../data/soja*

```
 $ python main.py --dataset ../data/soja
```
- Executa o programa definindo as classes e suas respectivas cores (X11 color names)

```
 $ python main.py --classes "Solo Soja Gramineas FolhasLargas" --colors "Orange SpringGreen RebeccaPurple Snow"
```

## Como instalar (opção 1, somente linux)
### Linux
Você pode instalar utilizando o script de instalação realizando os seguintes passos:

- Na pasta raiz do projeto, execute o comando abaixo para ceder a permissão de execução no script de instalação.
```
$ sudo chmod a+x INSTALL.sh
``` 
 
- Execute o script de instalação.
```
$ sudo ./INSTALL.sh
```

O script de instalação foi testado na versão 16.04 do Ubuntu.


## Como instalar (opção 2, sem o script)

### Dependências
#### Linux

Será necessário instalar:
- Python 2.7.6
- Opencv 2.7
- tk/tk-dev

As bibliotecas necessárias podem ser encontradas no arquivo __requeriments.txt__ na raiz do projeto, utilize o comando __pip__ para instalar.
- Instalação do pip:
```
$ sudo apt-get install python-pip
```
- Instale o numpy:
```
$ sudo pip install numpy
```
- Instação das bibliotecas:
```
$ sudo pip install -r requeriments.txt
```

### Windows

- Instale o [Anaconda](http://continuum.io/downloads) que contém todas dependências, inclusive o Python. Basta fazer o download do arquivo .exe e executá-lo.
- Opencv 2.7
- python-weka-wrapper ( Classification )

### Como instalar o OpenCV 

#### Linux (caso pip não funcione)

Seguir as instruções disponíveis em [OpenCV-Linux](http://docs.opencv.org/doc/tutorials/introduction/linux_install/linux_install.html#linux-installation). Lí em algum lugar que dá para instalar com o comando abaixo, não testei mas pode funcionar:
```
 $ sudo apt-get install python-opencv
```

Pode ser que seja necessário instalar também uma versão mais antiga do opencv (2.4*) caso apareça um erro com o comando import cv (que sumiu na versão 3.0.0 do opencv). Neste caso, tente seguir estes passos: [Instalando opencv 2.4] (https://sites.google.com/a/computacao.ufcg.edu.br/lvc/aprendizado/opencv).

#### Windows

 - [OpenCV-Python](https://opencv-python-tutroals.readthedocs.org/en/latest/py_tutorials/py_setup/py_setup_in_windows/py_setup_in_windows.html#install-opencv-python-in-windows).
	1. Baixe o [Opencv](https://opencv-python-tutroals.readthedocs.org/en/latest/py_tutorials/py_setup/py_setup_in_windows/py_setup_in_windows.html#install-opencv-python-in-windows)
	2. Extraia os arquivos no local desejado.
	3. Vá para a pasta opencv/build/python/2.7.
	4. Cipie o arquivo cv2.pyd para C:/Python27/lib/site-packeges.
	5. Abra o terminal e digite python para executar o interpretador.
	6. Digite:
    	
      ```
        >>> import cv2
        >>> print cv2.__version__
      ```

### Como instalar scikit-image e arff (caso pip não funcione)
```
 $ sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose python-pip python-networkx libfreetype6-dev

 $ sudo pip install -U scikit-image
```

Em uma das máquinas em que tentei instalar deu um erro que resolvi rodando o comando abaixo antes de executar a linha acima:
```
 $ sudo apt-get build-dep python-matplotlib
 $ sudo pip install cycler
```

### Como instalar o tk/tk-dev

#### Ubuntu 

```
 $ sudo apt-get install tk tk-dev
```
    
Na ocorrência do erro 'cannot import name _tkagg', tentar os seguintes comandos:
    
```
 $ sudo apt-get install tk tk-dev
 $ sudo pip uninstall matplotlib
 $ sudo pip install matplotlib
```

Se der erro na reinstalação do matplotlib (depois que desinstalar), tente desinstalar também pelo apt-get:
```
 $ sudo apt-get remove python-matplotlib
```

### Mais informações
    
- http://www.tkdocs.com/tutorial/install.html


### Como instalar o python-weka-wrapper ( Opcional )

#### Ubuntu (caso pip não funcione) 

Primeiro você precisa compilar os código C/C+ e os módulos Python:
```
$ sudo apt-get install build-essential python-dev
```

Agora você pode instalar os vários pacotes que precisamos para instalar o python-weka-wrapper:
```
$ sudo apt-get install python-pip python-numpy
```

Os seguintes pacotes são opcionais mas necessários se você deseja uma representação gráfica:
```
$ sudo apt-get install python-imaging python-matplotlib python-pygraphviz
```

Instale OpenJDK para obter todos os cabeçalhos que javabridge compila:
```
$ sudo apt-get install default-jdk
```

No meu ubuntu 14.04 tive problemas com dependência, acabei instalando o java da oracle seguindo as orientações deste site: [instalando java da oracle](http://askubuntu.com/questions/521145/how-to-install-oracle-java-on-ubuntu-14-04)

Finalmente você pode usar pip para instalar os pacotes Python que não estão disponíveis no repositório:
```
$ sudo pip install javabridge
$ sudo pip install python-weka-wrapper
```
    
#### Windows

Por favor note: você precisa certificar-se que os bits do seu ambiente é consistente. Isto é, se você instalar uma versão de Python 32-bit você deve instalar um JDK 32-bit e numpy 32-bit ( ou então todos eles devem ser 64-bit ).

Realize os seguintes passos:

Instale Python, esteja certo que você checou Add python.exe to path durante a instalação.

Adicione os scripts Python eu sua variável de ambiente PATH, por exemplo, :\\Python27\\Scripts

Instale pip com os seguintes passos:
- baixe daqui https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
- instale usando python get-pip.py

Instale numpy
- baixe numpy 1.9.x MKL ( ou superior ) para Python 2.7 (cp27) e sua configuração de bit  (32 ou 64 bit)
- instale o arquivo .whl usando pip: pip install numpy-X.Y.Z.whl

Instale .Net 4.0 (se já não estiver instalado)

Instale Windows SDK 7.1

Abra o prompt de comando do Windows SDK (não o prompt de comando convencional!) e instale javabridge e python-weka-wrapper
```
> set MSSdk=1
> set DISTUTILS_USE_SDK=1
> pip install javabridge
> pip install python-weka-wrapper
```

Agora você pode executar python-weka-wrapper usando o prompt de comando convencional também.

Se você deseja as funcionalidades gráficas você precisa instalar matplotlib também:
- baixe matplotlib para Python 2.7 (cp27) e sua configuração de bit (32 or 64 bit)
- instale o arquivo .whl usando pip: pip install matplotlib-X.Y.Z.whl
    
#### Mais informações

- http://pythonhosted.org/python-weka-wrapper/install.html
- http://pythonhosted.org/python-weka-wrapper/troubleshooting.html


### Como instalar o caffe ( Opcional )

#### Ubuntu / Windows

Para poder utilizar o classificador CNNCaffe, uma ConvNet baseada na topologia AlexNet, é necessário instalar o software Caffe.

A instalação do software Caffe é mais complexa que as instalações descritas anteriormente e pode ser encontrada detalhada no link abaixo:
-  http://caffe.berkeleyvision.org/installation.html

Após realizar a instalação do software Caffe, para realizar a classificação, você precisa realizar o treinamento da sua rede no software, pois não há interface no Pynovisao para o treinamento da ConvNet.

O tutorial para o treinamento pode ser encontrado no link abaixo:
- http://caffe.berkeleyvision.org/gathered/examples/imagenet.html

Por fim será necessário configurar sua CNNCaffe.
- Para os campos ModelDef, ModelWeights e MeanImage, você deverá fornecer os caminhos relativos ao seu treinamento realizado no passo anterior.
- Para o campo LabelsFile você deve fornecer o caminho de um arquivo que descrava nominalmente as classes na ordem 0, 1, ..., n-1, onde n é o número de classes que você treinou. 
- Um arquivo de exemplo pode ser encontrado em examples/labels.txt.