Medição automática de raízes de plantas

autor: Hemerson Pistori (pistori@ucdb.br)
version: 0.0.1

Calcula o comprimento de uma raíz desenhada em papel vegetal a partir de rizotrons (veja exemplos na pasta "data"

Exemplo de uso:

Coloque as imagens na pasta "data". Os nomes das imagens devem conter a medida manual da raíz e o comprimento em centímetros da linha que fica na parte superior da imagem (veja as imagens disponíveis como exemplo em "data"). A medida manual fica entre "#...#" e o comprimento da linha entre "@...@". Veja os exemplos.

$ cd ./src
$ ./best.sh

Pastas e arquivos importantes

Na pasta ./data estão os arquivos separados em uma subpasta "train" (15 imagens usadas para ajustar os parâmetros) e uma subpasta chamada "test" com 15 imagens para testar depois que os melhores parâmetros são escolhidos. Para rodar o software nas imagens de teste ou de treinamento é preciso copiá-las para a pasta ./data. Note que as imagens que estão agora na pasta data são exatamente as que estão na pasta ./data/test

As imagens foram separadas aleatoriamente entre treino e teste usando o script que está em ./utils/split.sh

As informações sobre comprimento medidos manualmente foram retiradas da tabela que está em ./utils/crescimento_TENANNT.xlsx

Existem vários exemplos de script para rodar o software com diferentes parâmetros em ./src/run_examples. Lembre-se que o ajuste de parâmetros deve ser feito com as imagens de conjunto de treinamento apenas

Os boxplots e gráficos de desempenho são gerados pelo programa que está em ./src/graficos.R (é um programa em linguagem R que deve ser executado no rstudio).

Requerimentos:

Veja o arquivo instala.sh Foi testado com Python 3.7.7 instalado apenas com conda